此时，严嵩父子虽然倒了台，但贪污腐化，吏治败坏的风气没有丝毫改变，明世宗仍然沉溺在求仙问药之中。老百姓越来越穷困。海瑞当时任户部主事，他要上一道奏章，希望皇帝从迷信中醒悟过来。
他知道，奏章呈上去，就会有杀身之祸。但他决心已下，就事先遣散了家人，安排好后事，又给自己买了棺材，诀别了妻子，才将他的奏章呈进宫去。
明世宗倒是耐着性子读完了他的奏章。可是他越看越气。那上面写道：
“陛下即位之初确做过些好事，可是后来却沉溺在神仙和仙药中，追求长生不老。可是尧、舜、禹、汤、文、武这些古圣贤，还有秦、汉那些自称有仙术的方士，至今还有在的吗?陛下叫人到处采购炼丹的药材，又大兴土木，修建道宫，耗尽了民脂民膏，弄得民穷财尽。怪不得现今老百姓都说：陛下年号叫“嘉靖”，是家家户户干干净净的意思。陛下二十多年不上朝，滥派官职，跟亲人、官员不见面，猜忌、杀戮臣下，弄得国弱民穷，君道不正，臣职不明，形势非常严重。陛下自比为尧、舜，臣下以为连汉文帝都不如……”
明世宗气得七窍生烟，将奏章狠狠地摔在地上，大喊道：“赶快把这个家伙抓起来，别让他逃跑了!”
宦官黄锦说：“听说这个人不怕死，做官清廉。他自知触犯 陛下，活不成了，已经安排好后事，准备好棺材，不会逃跑的。”
明世宗沉默半晌，再将奏章拾起反复阅读，觉得海瑞的话多少有些道理，自言自语连声叹息说：“这个人倒像比干，只是朕还没有商纣王那么坏吧!”他好几个月没有作批复。
但明世宗后来还是下旨将海瑞抓了起来。不过，才过了两个月，明世宗就死了。他的儿子明穆宗即位，才将他放出监狱，恢复了官职。
海瑞，号刚峰。小时候家中很贫穷，所以他能体会穷人的痛苦。他没中过进士，开始仅做县学的教谕(学官)。到任后，他就革除学生向教官送礼送酒食的习俗。提学御史视察县学，县官与其他教官迎接时都下跪，唯独海瑞不下跪，只作揖。他说：学校是教学的地方，不是衙门，教师不该给长官下跪。
后来海瑞做浙江淳安知县，带头废除官员们许多滥收的费用，又严格执行迎来送往时不许铺张浪费、不许赠送礼物的规定。有一回，严嵩死党鄢懋(ｙāｎｍàｏ)卿以御史的身分，到江南视察，他表面上发出文告，叫地方官员不要送礼，不要铺张浪费，实际上却暗示要吃山珍海味，要收受好处。
消息传到淳安，海瑞自然不愿迎合他。他亲自给鄢懋卿写了封信，说：“读了大人的文告，知道大人喜欢简朴、不爱拍马屁。我相信大人说的都是真心话。但是我听说，大人南下，沿途各处都为大人办了丰盛的酒席，每桌三四百两银子，很阔绰，连便壶都是银子做的。这大约是那些地方官员没有真正领会大人的本意，以为大人心口不一，实际是个喜欢巴结，讲究排场的浮华之徒吧?”
鄢懋卿气得脸发红，手发抖，但只好不去淳安了。
还有一次，浙江总督胡宗宪的儿子路过淳安，嫌驿馆招待不周，将管事人倒吊起来殴打。
衙役慌慌张张跑到县衙门禀报。海瑞说：“有办法对付。”便带着衙役来到驿馆，叫人先将胡公子抓起来，又从他的行李中搜出几千两银子。胡公子大喊大叫：“海瑞，你好大胆，敢抓堂堂总督公子!”
海瑞笑着说：“总督大人有布告，再三告诫属下各州县，迎接上官，不得铺张。这个人如此猖狂，还有大批来历不明的银子，一定是冒充的胡公子，败坏总督的名声，必须严办!”他命令将银子收进国库，另写了封信，连人送到杭州，请胡宗宪发落。胡宗宪是哑巴吃黄连，有苦说不出，只好将自己儿子臭骂了一顿。
公元1569年，海瑞出任江南巡抚。有钱有势的人家，听说海瑞来了，都夹紧了尾巴，有的躲避到别的地方去，有的把自己朱红的大门漆黑，减少人们的注意。海瑞强迫那些拥有大量土地的豪强大户将强占的土地退出来，分给穷人，而且先拿当朝首辅徐阶家开刀。他还领导疏浚了苏州的吴淞江、常熟的白茆(ｍáｏ)河。
海瑞的施政措施，获得民众拥护，却遭到官僚地主的反对。由于不断遭到排挤，海瑞被迫辞官回到家乡。公元1583年，他才被起用为南京吏部右侍郎，这时他已是七十二岁的老人了。但他仍勤勉地操劳着，直到死在任上。
他一生没有置过田产。死时，家中只有十多两俸银。还是同僚凑钱为他办的丧事。
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